Criada em 1.981, tem como objetivo o manejo, a preservação de áreas naturais estáveis, com finalidade científica, de monitoramento ambiental e de educação ambiental controlada.

É administrada por um presidente e por um Conselho composto por 11 entidades, com um representante cada uma. São elas, UNICAMP, PUCC, FAPESP, PROESP, Câmara dos Vereadores, Secretaria Municipal da Cultura, Secretaria do Meio Ambiente, IAC, PROAM, Família José Pedro de Oliveira e a própria Fundação, através de seu presidente.

Atualmente o trabalho na Mata é desenvolvido por cerca de 20 funcionários e 2 estagiários da área de biologia.

A Mata já permitiu a realização de mais de 200 trabalhos científicos, entre teses de mestrado, doutorado, iniciação científica, artigos científicos e de divulgação. Atualmente existem 40 projetos em andamento, sendo que a UNICAMP, a UNESP, o IAC, a PUCC e a ESALQ são as principais instituições que abrigam estes pesquisadores e docentes.

Embora a PMC seja responsável pela verba para manutenção e preservação, a Fundação conta com o apoio de empresas preocupadas com a integridade da Mata, patrocinando projetos. É o caso do projeto do Borboletário, com cerca de 400 m2 de área, cuja execução está sendo patrocinada pela Petrobrás.